绩效奖金从底薪里扣出来这种办法合法吗

這個問題的可能性太多了啊。
1合同里薪資只簽了工資 有沒有具體細化的分項？
2有沒有薪資確認單 （并注明屬於合同一部份的） 細化了 工資的分項內容？
3有沒有公司制度 寫了薪水包含哪幾部份？其中績效占多少？
4績效考核制度是怎樣的？是如何實施的？目標是否是提前約定的？你是否確認接受這個績效目標？

如果公司有規定工資的構成有哪幾部份
也有績效考核的制度 體系
提前跟你約定了績效目標 你沒有提出異議
那麼你就沒話說。

这个不能一概而论 首先确定签订合同时候的工资构成 1万元是不是只是底薪 含不含绩效工资；任务没有完成可以根据绩效考核来发放绩效工资 多与少是根据你的绩效体系核算出来的 而在没有这方面限制的情况下单方面扣除员工基本工资（底薪）显然是不合理的；有销售任务的职位在签订合同的时候 对于薪酬一定的要明确 否则很容易造成误区 给后期带来麻烦 这个是HR提前就应该考虑到的问题

如果他的劳动合同签订时表明基本工资10000元，绩效另算，是不是就不应该扣除他的工资，而应该只是按照公司内部人事协调扣除绩效钩子即可？